Große Teile der bestehenden Bahnstrecken der S-Bahn Breisgau wurden um- und ausgebaut sowie elektrifiziert. Damit kann in der Region Breisgau die beständig wachsende Nachfrage im Personennahverkehr durch ein entsprechendes Angebot dauerhaft sichergestellt werden. Weiterhin werden durch die Elektrifizierung und Verbesserung des Schienenverkehrs auch der Verkehr auf den Straßen und damit die Umwelt entlastet.

Im März 2018 begannen die Modernisierungsarbeiten entlang der Höllentalbahn West, im Juli 2018 entlang der Höllentalbahn Ost. Auf der Breisacher Bahn wurde im Februar 2019 mit den Hauptbauarbeiten begonnen. Von März 2020 bis November 2021 folgten die Arbeiten auf der Elztalbahn. Die Strecke zwischen Müllheim und Neuenburg sowie die Höllentalbahn West und die Dreiseenbahn wurden bereits modernisiert.